Les programmes thématiques courts du CRM ciblent des sujets en plein développement - ils peuvent être organisés à quelques mois d'avis seulement, permettant ainsi de réagir beaucoup plus rapidement et avec plus de souplesse que les semestres thématiques (qui demandent deux ou trois ans de péparation). Les programmes courts durent de trois à quatre semaines, ils ont lieu normalement durant l'été, et comprennent généralement une première semaine de mini-cours à l'intention des étudiants et stagiaires postdoctoraux, suivis de deux ou trois semaines d'ateliers intensifs. Les demandes peuvent être soumises à n'importe quel moment de l'année au directeur du CRM, de préférence avant le 1er octobre pour un programme ayant lieu durant l'été suivant. Tous les chercheurs canadiens et étrangers peuvent soumettre un demande de programme court. Si les organisateurs le jugent approprié, des comptes rendus du programme peuvent être publiés dans la CRM Proceedings and Lecture Notes Series de l'AMS.