Publications récentes

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Publications récentes (depuis 2012)


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    Membres du laboratoire

  • Alain Arnéodo (Unité UMR5672, C.N.R.S.)
  • Habib Benali (Concordia University)
  • Maxime Descoteaux (Université de Sherbrooke)
  • Christophe Grova (Concordia University)
  • Karim Jerbi (Université de Montréal)
  • Frédéric Lesage (École Polytechnique de Montréal)
  • Jean-Marc Lina (École de Technologie Supérieure)
  • Fahima Nekka (Université de Montréal)
  • Maxime Abran (École Polytechnique de Montréal)
  • Eleftherios Garyfallidis (Université de Sherbrooke)
  • Tarek Lajnef (Université de Montréal)
  • Xiaotian Wu (York University)


  • Alain Arnéodo

    Chapitres de livres:

    • Audit, B., Zaghloul, L., Baker, A., Chen, C.-L., d’Aubenton-Carafa, Y., Thermes, C., Arnéodo, A., « Megabase replication domains along the human genome: relation to chromatin structure and genome organisation », in Epigenetics: Developpment and Disease, Tapas K. Kundu, éd., Bubcellular Biochemistry Vol. 61, Netherlands, Springer, 2013.

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Julienne, H., Audit, B., Arnéodo, A., « Embryonic stem cell specific “Master” replication origins at the heart of the loss of pluripotency  », PLoS Computational Biology, 11:2 (février 2015), e1003969, 38 p.
    • Zaghloul, L., Drillon, G., Boulos, R., Argoul, F., Thermes, C., Arnéodo, A., Audit, B., « Large replication skew domains delimit GC-poor gene deserts in human  », Computational Biology and Chemistry, 53A (décembre 2014), 153–165.
    • Hyrien, O., Rappailles, A., Guilbaud, G., Baker, A., Chen, C.-L., Goldar, A., Petryk, N., Kahli, M., Ma, E., d’Aubenton-Carafa, Y., Audit, B., Thermes, C., Arnéodo, A., « From simple bacterial and archaeal replicons to replication N/U- Domains », Journal of Molecular Biology, 425:23 (novembre 2013), 4673–4689.
    • Berguiga, L., Boyer-Provera, E., Martinez-Torres, C., Elezgaray, J., Arnéodo, A., Argoul, F., « Guided wave microscopy: mastering the inverse problem  », Optics Letters, 38:21 (novembre 2013), 4269–4272.
    • Julienne, H., Zoufir, A., Audit, B., Arnéodo, A., « Human genome replication proceeds through four chromatin states », PLoS Computational Biology, 9:10 (octobre 2013), e1003233.
    • Boulos, R., Arnéodo, A., Jensen, P., Audit, B., « Reveling long-range interconnected hubs in human chromatin interaction data using graph theory », Physical Review Letters, 111 (septembre 2013), 118102, 5 p.
    • Riche, S., Zouak, M., Argoul, F., Arnéodo, A., Pecreaux, J., Delattre, M., « Evolutionary comparisons reveal a positional switch for spindle pole oscillations in Caenorhabditis embryos », The Journal of Cell Biology, 201:5 (mai 2013), 653–662.
    • Boyer-Provera, E., Rossi, A., Oriol, L., Dumontet, C., Plesa, A., Berguiga, L., Elezgaray, J., Arnéodo, A., Argoul, F., « Wavelet-based decomposition of high resolution surface plasmon microscopy V(Z) curves at visible and near in frared wavelengths », Optics Express, 21:6 (mars 2013), 7456–7477.
    • Audit, B., Baker, A., Chen, C.-L., Rappailles, A., Guilbaud, G., Hanna, J., Goldar, A., d’Aubenton-Carafa, Y., Hyrien, O., Thermes, C., Arnéodo, A., « Multiscale analysis of genome-wide replication timing profiles using a wavelet-based signal-processing algorithm », Nature Protocols, 8 (janvier 2013), 98–110.
    • Gerasimova, E., Audit, B., Roux, S., Khalil, A., Argoul, F., Naimark, O., Arnéodo, A., « Multifractal analysis of dynamic infrared imaging of breast cancer », EPL (Europhysics Letters), 104:6 (2013), 68001, 6 p.
    • Baker, A., Julienne, H., Chen, C.-L., Audit, B., d’Aubenton-Carafa, Y., Thermes, C., Arnéodo, A., « Linking the DNA strand asymmetry to the spatio-temporal replication program. II. Accounting for neigbor-dependent substitution rates », The European Phisical Journal E, 35:123 (novembre 2012).
    • Baker, A., Julienne, H., Chen, C.-L., Audit, B., d’Aubenton-Carafa, Y., Thermes, C., Arnéodo, A., « Linking the DNA strand asymmetry to the spatio-temporal replication program. I. About the role of the replication fork polarity in genome evolution », The European Phisical Journal E, 35:92 (septembre 2012).
    • Moindrot, B., Audit, B., Klous, P., Baker, A., Thermes, C., de Laat, W., Bouvet, P., Mongelard, F., Arnéodo, A., « 3D chromatin conformation correlates with replication timing and is conserved in resting cells », Nucleic Acids Research, 40:19 (août 2012), 9470–9481.
    • Baker, A., Audit, B., Yang, S. C.-H., Bechhoefer, J., Arnéodo, A., « Inferring where and when replication initiates from geome-wide replication timing data  », Physical Review Letters, 108:26 (juin 2012), 268101, 5 p.
    • Baker, A., Audit, B., Chen, C.-L., Moindrot, B., Leleu, A., Guilbaud, G., Rappailles, A., Vaillant, C., Goldar, A., Mongelard, F., d’Aubenton-Carafa, Y., Hyrien, O., Thermes, C., Arnéodo, A., « Replication fork polarity gradients revealed by megabse-sized u-shaped replication timing domains in human cell lines », PLoS Computational Biology, 8:4 (avril 2012), e1002443.
    • Travers, A. A., Vaillant, C., Arnéodo, A., Muskhelishvili, G., « DNA structure, nucleosome placement and chromatin remodelling: a perspective », Biochemical Society Transactions, 40:2 (avril 2012), 335–340.

    Actes de colloque avec comité de lecture:

    • Audit, B., Boulos, R., Baker, A., Julienne, H., Arnéodo, A., Chen, C.-L., d’Aubenton-Carafa, Y., Thermes, C., Goldar, A., Guilbaud, G., Rappailles, A., Hyrien, O., « Relating mammalian replication program to large-scale chromatin folding », in Proceedings of the International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, New York, ACM, 2013, 799–810.



    Habib Benali

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Gargouri, F., Messé, A., Perlbarg, V., Valabrègue, R., McColgan, P., Yahia-Cherif, L., Fernandez-Vidal, S., Ben Hamida, A., Benali, H., Tabrizi, S., Durr, A., Lehéricy, S., « Longitudinal changes in functional connectivity of cortico-basal ganglia networks in manifests and premanifest huntington’s disease », Human Brain Mapping, 37:11 (novembre 2016), 4112–4128.
    • Operto, G., Chupin, M., Batrancourt, B., Habert, M.-O., Colliot, O., Benali, H., Poupon, C., Champseix, C., Delmaire, C., Marie, S., Rivière, D., Pélégrini-Issac, M., Perlbarg, V., Trebosson, R., Bottlaender, M., Frouin, V., Grigis, A., Papadopoulos Orfanos, D., Dary, H., Fillon, L., Azouani, C., Bouyahia, A., Fischer, C., Edward, L., Bouin, M., Thoprakarn, U., Li, J., Makkaoui, L., Poret, S., Dufouil, C., Bouteloup, V., Chételat, G., Dubois, B., Lehéricy, S., Mangin, J.-F., Cointepas, Y., « CATI: A large distributed infrastructure for the neuroimaging of cohorts », Neuroinformatics, 14:3 (juillet 2016), 253–264.
    • Sangari, S., Iglesias, C., El Mendili, M.-M., Benali, H., Pradat, P.-F., Marchand-Pauvert, V., « Impairment of sensory-motor integration at spinal level in amyotrophic lateral sclerosis », Clinical Neurophysiology, 127:4 (avril 2016), 1968–1977.
    • Laventure, S., Fogel, S., Lungu, O., Albouy, G., Sévigny-Dupont, P., Vien, C., Sayour, C., Carrier, J., Benali, H., Doyon, J., « NREM2 and sleep spindles are instrumental to the consolidation of motor sequence memories », PLOS Biology, 14:3 (mars 2016), e1002429, 27 p.
    • Dubois, B., Hampel, H., Feldman, H., Scheltens, P., Aisen, P., Andrieu, S., Bakardjian, H., Benali, H., Bertram, L., Blennow, K., Broich, K., Cavedo, E., Crutch, S., Dartigues, J.-F., Duyckaerts, C., Epelbaum, S., Frisoni, G. B., Gauthier, S., Genthon, R., Gouw, A. A., Habert, M.-O., Holtzman, D. M., Kivipelto, M., Lista, S., Molinuevo, J.-L., O’Bryant, S. E., Rabinovici, G. D., Rowe, C., Salloway, S., Schneider, L. S., Sperling, R., Teichmann, M., Carrillo, M. C., Cummings, J., Jack, C. R., « Preclinical Alzheimer’s disease: Definition, natural history, and diagnostic criteria », Alzheimer’s & Dementia, 12:3 (mars 2016), 292–323.
    • Blanchard, S., Saillet, S., Ivanov, A., Benquet, P., Bénar, C.-G., Pélégrini-Issac, M., Benali, H., Wendling, F., « A new computational model for neuro-glio-vascular coupling: Astrocyte activation can explain cerebral blood flow nonlinear response to interictal events », PLoS One, 12:2 (février 2016), e0147292, 21 p.
    • Sockeel, S., Schwartz, D., Pélégrini-Issac, M., Benali, H., « Large-scale functional networks identified from resting-state EEG using spatial ICA », PLoS One, 11:1 (janvier 2016), e0146845, 18 p.
    • El Mendili, M.-M., Lenglet, T., Stojkovic, T., Behin, A., Guimarães-Costa, R., Salachas, F., Meininger, V., Bruneteau, G., Le Forestier, N., Lafôret, P., Lehéricy, S., Benali, H., Pradat, P.-F., « Cervical spinal cord atrophy profile in adult SMN1-linked SMA », PLoS One, 11:4 (2016), e0152439, 12 p.
    • Garnier, A., Vidal, A., Benali, H., « A theoretical study on the role of astrocytic activity in neuronal hyperexcitability by a novel neuron-glia mass model », The Journal of Mathematical Neuroscience, 6 (2016), 10, 30 p.
    • Huneau, C., Benali, H., Chabriat, H., « Investigating human neurovascular coupling using functional neuroimaging: A critical review of dynamic models », Frontiers in Neuroscience, 9 (décembre 2015), 467, 12 p.
    • Samson, F., Zeffiro, T. A., Doyon, J., Benali, H., Mottron, L., « Speech acquisition predicts regions of enhanced cortical response to auditory stimulation in autism spectrum individuals », Journal of Psychiatric Research, 68 (septembre 2015), 285–292.
    • Caroppo, P., Habert, M.-O., Durrleman, S., Funkiewiez, A., Perlbarg, V., Hahn, V., Bertin, H., Gaubert, M., Routier, A., Hannequin, D., Deramecourt, V., Pasquier, F., Rivaud-Perchoux, S., Vercelletto, M., Edouart, G., Valabrègue, R., Lejeune, P., Didic, M., Corvol, J.-C., Benali, H., Lehéricy, S., Dubois, B., Colliot, O., Brice, A., Le Ber, I., « Lateral temporal lobe: An early imaging marker of the presymptomatic GRN disease? », Journal of Alzheimer’s Disease, 47:3 (août 2015), 751–759.
    • Laouchedi, M., Galanaud, D., Delmaire, C., Fernandez-Vidal, S., Messé, A., Mesmoudi, S., Oulebsir Boumghar, F., Pélégrini-Issac, M., Puybasset, L., Benali, H., Perlbarg, V., « Deafferentation in thalamic and pontine areas in severe traumatic brain injury », Journal of Neuradiology, 42:4 (juillet 2015), 202–211.
    • Vahdat, S., Lungu, O., Cohen-Adad, J., Marchand-Pauvert, V., Benali, H., Doyon, J., « Simultaneous brain-cervical cord fMRI Reveals intrinsic spinal cord plasticity during motor sequence learning », PLOS Biology, 13:6 (juin 2015), e1002186, 25 p.
    • Barbeau, E. B., Lewis, J. A., Doyon, J., Benali, H., Mottron, L., Zeffiro, T. A., « A greater involvement of posterior brain areas in interhemispheric transfer in autism: fMRI, DWI and behavioral evidences », NeuroImage: Clinical, 8 (avril 2015), 267–280.
    • El Mendili, M.-M., Chen, R., Tiret, B., Villard, N., Trunet, S., Pélégrini-Issac, M., Lehéricy, S., Pradat, P.-F., Benali, H., « Fast and accurate semi-automated segmentation method of spinal cord MR images at 3T applied to the construction of a cervical spinal cord template », PLoS One, 10:3 (mars 2015), e0122224, 21 p.
    • Albouy, G., Fogel, S., King, B. R., Laventure, S., Benali, H., Kami, A., Carrier, J., Robertson, E. M., Doyon, J., « Maintaining vs. enhancing motor sequence memories: respective roles of striatal and hippocampal systems », NeuroImage, 108 (mars 2015), 423–434.
    • El Mendili, M.-M., Chen, R., Tiret, B., Pélégrini-Issac, M., Cohen-Adad, J., Lehéricy, S., Pradat, P.-F., Benali, H., « Validation of semiautomated spinal cord segmentation method », Journal of Magnetic Resonance Imaging, 41:2 (février 2015).
    • Garnier, A., Vidal, A., Huneau, C., Benali, H., « A neural mass model with direct and indirect excitatory feedback loops: identification of bifurcations and temporal dynamics », Neural Computation, 27:2 (février 2015), 329–364.
    • Messé, A., Benali, H., Marrelec, G., « Relating structural and functional connectivity in MRI: a simple model for a complex brain », IEEE Transactions on Medical Imaging, 34:1 (janvier 2015), 27–37.
    • Iglesias, C., Sangari, S., El Mendili, M.-M., Benali, H., Marchand-Pauvert, V., Pradat, P.-F., « Electrophysiological and spinal imaging evidences for sensory dysfunction in amyotrophic lateral sclerosis », BMJ Open, 5 (2015), e007659, 10 p.
    • Hinson, H. E., Puybasset, L., Weiss, N., Perlbarg, V., Benali, H., Galanaud, D., Lasarev, M., Stevens, R. D., « Neuroanatomical basis of paroxysmal sympathetic hyperactivity: A diffusion tensor imaging analysis », Brain Injury, 29:4 (2015), 455–461.
    • Fonov, V. S., Le Troter, A., Taso, M., De Leener, B., Lévêque, G., Benhamou, M., Sdika, M., Benali, H., Pradat, P.-F., Collins, D. L., Callot, V., Cohen-Adad, J., « Framework for integrated MRI average of the spinal cord white and gray matter: The MNI–Poly–AMU template », NeuroImage, 102 (novembre 2014), 817–827.
    • Toussaint, P.-J., Maiz, S., Coynel, D., Doyon, J., Messé, A., Cruz de Souza, L., Sarazin, M., Perlbarg, V., Habert, M.-O., Benali, H., « Characteristics of the default mode functional connectivity in normal ageing and Alzheimer’s disease using resting state fMRI with a combined approach of entropy-based and graph theoretical measurements », NeuroImage, 101 (novembre 2014), 778–786.
    • Debas, K., Carrier, J., Barakat, M., Marrelec, G., Bellec, P., Hadj Tahar, A., Kami, A., Ungerleider, L. G., Benali, H., Doyon, J., « Off-line consolidation of motor sequence learning results in greater integration within a cortico-striatal functional network », NeuroImage, 99 (octobre 2014), 50–58.
    • Marsolais, Y., Perlbarg, V., Benali, H., Joanette, Y., « Age-related changes in functional network connectivity associated with high levels of verbal fluency performance », Cortex, 58 (septembre 2014), 123–138.
    • Louapre, C., Perlbarg, V., García-Lorenzo, D., Urbanski, M., Benali, H., Assouad, R., Galanaud, D., Freeman, L., Bodini, B., Papeix, C., Tourbah, A., Lubetski, C., Lehéricy, S., Stankoff, B., « Brain networks disconnection in early multiple sclerosis cognitive deficits: an anatomofunctional study », Human Brain Mapping, 35 (septembre 2014), 4706–4717.
    • Fogel, S., Albouy, G., Vien, C., Popovicci, R., King, B. R., Hoge, R. D., Jbabdi, S., Karni, A., Maquet, P., Carrier, J., Doyon, J., Benali, H., « fMRI and sleep correlates of the age-related impairement in motor memory consolidation », Human Brain Mapping, 35:8 (août 2014), 3625–3645.
    • El Mendili, M.-M., Cohen-Adad, J., Pélégrini-Issac, M., Rossignol, S., Morizot-Koutlidis, R., Marchand-Pauvert, V., Iglesias, C., Sangari, S., Katz, R., Lehéricy, S., Benali, H., Pradat, P.-F., « Multi-parametric spinal cord MRI as potential progression marker in amyotrophic lateral sclerosis », PLoS One, 9:4 (avril 2014), e95516, 7 p.
    • Malherbe, C., Messé, A., Bardinet, É., Pélégrini-Issac, M., Perlbarg, V., Marrelec, G., Worbe, Y., Yelnick, J., Lehéricy, S., Benali, H., « Combining spatial independent component analysis with regression to identify the subcortical components of resting-state FMRI functional networks », Brain Connectivity, 4:3 (avril 2014), 181–192.
    • Messé, A., Rudrauf, D., Benali, H., Marrelec, G., « Relating structure and function in the human brain: relative contributions of anatomy, stationary dynamics, and non-stationarities », PLoS Computational Biology, 10:3 (mars 2014), e1003530, 9 p.
    • van der Eerden A. W., Khalilzadeh, O., Perlbarg, V., Dinkel, J., Sanchez, P., Vos, P. E., Luyt, C.-É., Stevens, R. D., Menjot de Champfleur, N., Delmaire, C., Tollard, E., Gupta, R., Dormont, D., Laureys, S., Benali, H., Vanhaudenhuyse, A., Galanaud, D., Puybasset, L., « White matter changes in comatoes survivors of anoxic ischemic encephalopathy and traumatic brain injury: Comparative diffusion-tensor imagining study », Radiology, 270:2 (février 2014), 506–516.
    • Poulin-Lord, M.-P., Barbeau, E. B., Soulièrers, I., Monchi, O., Doyon, J., Benali, H., Mottron, L., « Increased topographical variability of task-related activation in perceptive and motor associative regions in adult autistics », NeuroImage: Clinical, 4 (2014), 444–453.
    • Barakat, M., Carrier, J., Debas, K., Lungu, O., Fogel, S., Vandewalle, G., Hoge, R. D., Bellec, P., Karni, A., Ungerleider, L. G., Benali, H., Doyon, J., « Sleep spindles predict neural and behavioral changes in motor sequence consolidation », Human Brain Mapping, 34:11 (novembre 2013), 2918–2928.
    • Rosso, C., Valabrègue, R., Attal, Y., Vargas, P., Gaudron, M., Baronnet, F., Bertasi, E., Humbert, F., Peskine, A., Perlbarg, V., Benali, H., Lehéricy, S., Samson, Y., « Contribution of corticospinal tract and functional connectivity in hand motor impairement after stoke », PLoS One, 8:9 (septembre 2013), e73164, 11 p.
    • Garcia-Lorenzo, D., Longo-Dos Santos, C., Ewenczyk, C., Leu-Semenescu, S., Gallea, C., Quattrocchi, G., Pita Lobo, P., Poupon, C., Benali, H., Arnulf, I., Vidailhet, M., Lehéricy, S., « The coeruleus/subcoeruleus complex in rapid eye movement sleep behaviour disorders in Parkinson’s disease », Brain, 136:7 (juillet 2013), 2120–2129.
    • Mesmoudi, S., Perlbarg, V., Rudrauf, D., Messé, A., Pinsard, B., Hasboun, D., Cioli, C., Marrelec, G., Toro, R., Benali, H., Burnod, Y., « Resting state networks’ corticotopy: The dual intertwined rings architecture », PLoS One, 8:7 (juillet 2013), e67444, 14 p.
    • Messé, A., Caplain, S., Pélégrini-Issac, M., Blancho, S., Lévy, R., Aghakhani, N., Montreuil, M., Benali, H., Lehéricy, S., « Specific an evolving resting-state network alterations in post-concussion syndrome following mild traumatic brain injury », PLoS One, 8:6 (juin 2013), e65470, 10 p.
    • Moutet, F., Delon-Martin, C., Martin, O., Sirigu, A., Delaquaize, F., Benali, H., Masquelet, A.-C., « IRM fonctionnelle. Quels apports en chirurgie de la main ? », Chirurgie de la Main, 32:3 (juin 2013), 121–128.
    • Dehaes, M., Kazemi, K., Pélégrini-Issac, M., Grebe, R., Benali, H., Wallois, F., « Quantitative effect of the neonatal fontanel on synthetic near infrared spectroscopy measurements », Human Brain Mapping, 34:4 (avril 2013), 878–889.
    • Sharman, M. A., Valabrègue, R., Perlbarg, V., Marrakchi-Kacem, L., Vidailhet, M., Benali, H., Brice, A., Lehéricy, S., « Parkinson’s disease patients show reduced cortical-subcortical sensorimotor connectivity », Movement Disorders, 28:4 (avril 2013), 447–454.
    • Cuingnet, R., Glaunès, J. A., Chupin, M., Benali, H., Colliot, O., « Spatial and anatomical regularization of SVM: A general framework for neuroimaging data », IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 35:3 (mars 2013), 682–696.
    • Taylor, V. A., Daneault, V., Grant, J., Scavone, G., Breton, E., Roffe-Vidal, S., Courtemanche, J., Lavarenne, A., Marrelec, G., Benali, H., Beauregard, M., « Impact of meditation training on the default mode network during a restful state », Social Cognitive and Affective Neuroscience, 8:1 (janvier 2013), 4–14.
    • Cohen-Adad, J., El Mendili, M.-M., Morizot-Koutlidis, R., Lehéricy, S., Meininger, V., Blancho, S., Rossignol, S., Benali, H., Pradat, P.-F., « Involvement of spinal sensory pathway in ALS and specificity of cord atrophy to lower motor neuron degeneration », Amyotrophic Lateral Sclerosis and Frontotemporal Degeneration, 14:1 (janvier 2013), 30–38.
    • Marcotte, K., Perlbarg, V., Marrelec, G., Benali, H., Ansaldo, A. I., « Default-mode network fuctional connectivity in aphasia: therapy-induced neuroplasticity  », Brain and Language, 124:1 (janvier 2013), 45–55.
    • Ghazi Saidi, L., Perlbarg, V., Marrelec, G., Pélégrini-Issac, M., Benali, H., Ansaldo, A. I., « Functional connectivity changes in second language vocabulary learning », Brain and Language, 124:1 (janvier 2013), 56–65.
    • Desjardins, M., Pouliot, P., Perlbarg, V., Desjardins-Crépeau, L., Gauthier, C., Leclerc, P.-O., Hoge, R. D., Bherer, L., Benali, H., Lesage, F., « Association of cardiovascular fitness with cognition, cerebral blood flow and oxygenation in aging  », NeuroImage (2013), soumis.
    • Luyt, C.-E., Galanaud, D., Perlbarg, V., Vanhaudenhuyse, A., Stevens, R., Gupta, R., Besancenot, H., Krainik, A., Audibet, G., Combes, A., Chastre, J., Benali, H., Laureys, S., Puybasset, L., « Diffusion tensor imaging to predict long-term outcome after cardiac arrest: A bicentric pilot study », Anesthesiology, 117:6 (décembre 2012), 1311–1321.
    • Galanaud, D., Perlbarg, V., Gupta, R., Stevens, R., Sanchez, P., Tollard, E., de Champfleur, N. M., Dinkel, J., Faivre, S., Soto Ares, G., Veber, B., Cottenceau, V., Masson, F., Tourdias, T., André, E., Audibert, G., Schmitt, E., Ibarrola, D., Dailler, F., Vanhaudenhuyse, A., Tshibanda, L., Payen, J.-F., Le Bas, J.-F., Krainik, A., Bruder, N., Girard, N., Laureys, S., Benali, H., Puybasset, L., « Assement of white matter injury and outcome in severe brain traume: a prospective multicenter cohort », Anesthesiology, 117:6 (décembre 2012), 1300–1310.
    • Toussaint, P.-J., Perlbarg, V., Bellec, P., Desarnaud, S., Lacomblez, L., Doyon, J., Habert, M.-O., Benali, H., « Resting state FDG-PET functional connectivity as an early biomarker of Alzheimer’s disease using conjoint univariate and independent component anayses », NeuroImage, 63:2 (novembre 2012), 936–946.
    • Xie, G., Piché, M., Khoshnejad, M., Perlbarg, V., Chen, J. I., Hoge, R. D., Benali, H., Rossignol, S., Rainville, P., Cohen-Adad, J., « Reduction of physiological noise with independent component analysis improves the detection of nociceptive responses with fMRI of the human spinal cord », NeuroImage, 63:1 (octobre 2012), 245–252.
    • Messé, A., Marrelec, G., Bellec, P., Perlbarg, V., Doyon, J., Pélégrini-Issac, M., Benali, H., « Comparing structural and functional graph theory features in the human brain using multimodal MRI », IRBM, 33:4 (septembre 2012), 244–253.
    • Worbe, Y., Malherbe, C., Hartmann, A., Pélégrini-Issac, M., Messé, A., Vidailhet, M., Lehéricy, S., Benali, H., « Functional immaturity of cortico-basal ganglia networks in Gilles de la Tourette syndrome », Brain, 135:6 (juin 2012), 1937–1946.
    • Messé, A., Caplain, S., Pélégrini-Issac, M., Blancho, S., Montreuil, M., Lévy, R., Lehéricy, S., Benali, H., « Structural integrity and postconcussion syndrome in mild traumatic brain injury patients », Brain Imaging and Behavior, 6:2 (juin 2012), 283–292.
    • Scherer, L. C., Fonseca, R. P., Amiri, M., Adrover-Roig, D., Marcotte, K., Giroux, F., Senhadji, M. N., Benali, H., Lesage, F., Ansaldo, A. I., « Syntactic processing in bilinguals: An fNIRS study », Brain and Language, 121:2 (mai 2012), 144–151.
    • Scherer, L. C., Fonseca, R. P., Giroux, F., Senhadji, M. N., Marcotte, K., Tomitch, L. M. B., Benali, H., Lesage, F., Ska, B., Joanette, Y., « Neurofunctional (re)organization underlying narrative discourse processing in aging: Evidence from fNIRS », Brain and Language, 121:2 (mai 2012), 174–784.
    • Voges, N., Blanchard, S., Wendling, F., David, O., Benali, H., Papadopoulo, T., Clerc, M., Bénar, C., « Modeling of the neurovascular coupling in epileptic discharges », Brain Topography, 25:2 (avril 2012), 136–156.
    • Boly, M., Perlbarg, V., Marrelec, G., Schabus, M., Laureys, S., Doyon, J., Pélégrini-Issac, M., Maquet, P., Benali, H., « Hierarchical clustering of brain activity during human nonrapid eye movement sleep », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 109:15 (avril 2012), 5856–5861.

    Actes de colloque avec comité de lecture:

    • Tsiakaka, O., Terosiet, M., Romain, O., Histace, A., Benali, H., Pradat, P.-F., Vallette, F., Feher, M., Feruglio, S., « In vivo NIRS monitoring in pig spinal cord tissues », in 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (Milan, 2015), IEEE, 2015, 4262–4265.



    Maxime Descoteaux

    Chapitres de livres:

    • Descoteaux, M., Deriche, R., « From local q-ball estimation to fibre crossing tractography », in Handbook of Biomedical Imaging — Methodologies and Clinical Research, N. Paragios, J. Duncan, N. Ayache, éd., New York, Springer, 2015.
    • Descoteaux, M., Poupon, C., « Diffusion-weighted MRI », in Comprehensive Biomedical Physics. Magnetic Resonance Imaging and Spectroscopy, D. Belkić K. Belkić, éd., Vol. 3, Elseiver, 2014.
    • Côté, M.-A., Boré, A., Girard, G., Houde, J.-C., Descoteaux, M., « Tractometer: Online evaluation system for tractography », in Medical Imagine Computing and Computer-Assisted Intervention – MICCAI 2012, Nicholas Ayache, Hervé Delingette, Polina Golland, Kensaku Mori, éd., Lecture Notes in Computer Science, Vol. 7510, Berlin, Springer, 2012. 15th International Conference, Nice, France, October 1-5, 2012, Proceedings, Part I

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • De Bendictis, A., Petit, L., Descoteaux, M., Marras, C. E., Barbareschi, M., Corsini, F., Dallabona, M., Chioffi, F., Sarubbo, S., « New insights in the homotopic and heterotopic connectivity of the frontal portion of the human corpus callosum revealed by microdissection and diffusion tractography », Human Brain Mapping, 37:12 (décembre 2016), 4718–4735.
    • Paquette, M., Gilbert, G., Descoteaux, M., « Optimal DSI reconstruction parameter recommendations: Better ODFs and better connectivity », NeuroImage, 142 (novembre 2016), 1–13.
    • St-Jean, S., Coupé, P., Descoteaux, M., « Non local spatial and angular matching: Enabling higher spatial resolution diffusion MRI datasets through adaptive denoising », Medical Image Analysis, 32 (août 2016), 115–130.
    • Daducci, A., Dal Palú, A., Descoteaux, M., Thiran, J.-P., « Microstructure informed tractography: pitfalls and open challenges », Frontiers in Neuroscience, 10 (juin 2016), 247, 13 p.
    • Deslauriers-Gauthier, S., Marziliano, P., Paquette, M., Descoteaux, M., « The application of a new sampling theorem for non-bandlimited signals on the sphere: Improving the recovery of crossing fibers for low b-value acquisitions », Medical Image Analysis, 30 (mai 2016), 46–59.
    • Renauld, E., Descoteaux, M., Bernier, M., Garyfallidis, E., Whittingstall, K., « Semi-automatic segmentation of optic radiations and LGN, and their relationship to EEG alpha waves », PLoS One, 11:7 (2016), e0156436, 21 p.
    • Paquette, M., Merlet, S., Gilbert, G., Deriche, R., Descoteaux, M., « Comparison of sampling strategies and sparsifying transforms to improve compressed sensing diffusion spectrum imaging », Magnetic Resonance in Medicine, 73:1 (janvier 2015), 401–416.
    • Bernier, M., Chamberland, M., Houde, J.-C., Descoteaux, M., Whittingstall, K., « Using fMRI non-local means denoising to uncover activation in sub-cortical structures at 1.5 T for guided HARDI tractography », Frontiers in Human Neuroscience, 8 (septembre 2014), 715, 11 p.
    • Girard, G., Whittingstall, K., Deriche, R., Descoteaux, M., « Towards quantitative connectivity analysis: Reducing tractography biases », NeuroImage, 98:1 (septembre 2014), 266–278.
    • Brandao, P., Jovem, C., Pereira Brasil-Neto, J., Tomaz, C., Descoteaux, M., Allam, N., « Congenital mirror movements: lack of decussation of pyramids  », Brain, 137:8 (août 2014), e292, 4 p.
    • Whittingstall, K., Bernier, M., Houde, J.-C., Fortin, D., Descoteaux, M., « Structural network underlying visuospatial imagery in humans », Cortex, 56 (juillet 2014), 85–98.
    • Vigneau-Roy, N., Bernier, M., Descoteaux, M., Whittingstall, K., « Regional variations in vascular density correlate with resting-state and task-evoked blood oxygen level-dependent signal amplitude », Human Brain Mapping, 35:5 (mai 2014), 1906–1920.
    • Chamberland, M., Whittingstall, K., Fortin, D., Descoteaux, M., Mathieu, D., « Real-time multi-peak tractography for instantaneous connectivity display », Frontiers in Neuroinforamtics, 8:59 (mai 2014), 1–15.
    • Daducci, A., Canales-Rodriguez, E. J., Descoteaux, M., Garyfallidis, E., Gur, Y., Lin, Y.-C., Mani, M., Merlet, S., Paquette, M., Ramirez-Manzanares, A., Reisert, M., Reis Rodrigues, P., Sepehrband, F., Caruyer, E., Choupan, J., Deriche, R., Jacob, M., Menegaz, G., Prckovska, V., Rivera, M., Wiaux, Y., Thiran, J.-P., « Quantitative comparison of reconstruction methods for intra-voxel fiber recovery from diffusion MRI  », IEEE Transactions on Medical Imaging, 33:2 (février 2014), 384–399.
    • Garyfallidis, E., Brett, M., Amirbekian, B., Rokem, A., van der Walt, S., Descoteaux, M., Nimmo-Smith, I., et al., « Dipy, a library for the analysis of diffusion MRI data  », Frontiers in Neuroinforamtics, 8:8 (février 2014), 1–17.
    • Gramfort, A., Poupon, C., Descoteaux, M., « Denoising and fast diffusion imaging with physically constrained sparse dictonary learning », Medical Image Analysis, 18:1 (janvier 2014), 36–49.
    • Coupé, P., Manjon, J. V., Chamberland, M., Hiba, B., Descoteaux, M., « Collaborative patch-based super-resolution for diffusion-weighted images », NeuroImage, 83 (décembre 2013), 245–261.
    • Roy, M., Nugent, S., Tremblay, S., Descoteaux, M., Beaudoin, J.-F., Tremblay, L., Lecomte, R., Cunnane, S. C., « A dual tracer PET-MRI protocol for the quantitative measure of regional brain energy substrates uptake in the rat », Journal of visualized experiments, 82 (décembre 2013), e50761, 1–9.
    • Jr. Laforce, R., Roy, M., Descoteaux, M., Berthelot, C., Bouchard, J.-P., « Neurocognitive deficits and diffusion MR imaging abnormalities in a case of adult-onset autosomal dominant leudystrophy », Translational Neuroscience, 4:4 (décembre 2013), 513–515.
    • Côté, M.-A., Girard, G., Boré, A., Garyfallidis, E., Houde, J.-C., Descoteaux, M., « Tractometer: towards validation of tractography pipelines », Medical Image Analysis, 17:7 (octobre 2013), 844–857.
    • Roy, M., Nugent, S., Tremblay, S., Tremblay-Mercier, J., Courchesne-Loyer, A., Beaudoin, J.-F., Tremblay, L., Descoteaux, M., Lecomte, R., Cunnane, S. C., « The ketogenic diet increases brain glucose and ketone uptake in aged rats: a dual tracer PET and volumetric MRI study », Brain Research, 1488 (décembre 2012), 14–23.
    • Fortin, D., Aubin-Lemay, C., Boré, A., Girard, G., Houde, J.-C., Whittingstall, K., Descoteaux, M., « Tractography in the study of the human brain: a neurosurgical perspective », Canadian Journal of Neurological Sciences 39:6 (novembre 2012), 747–756.
    • Descoteaux, M., « De l’estimation locale par imagerie q-ball à la tractographie des croisements de fibres », Technique et science informatiques, 31:3 (2012), 375–396.



    Christophe Grova

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Chowdhury, R. A., Merlet, I., Birot, G., Kobayashi, E., Biraben, A., Wendling, F., Lina, J.-M., Albera, L., Grova, C., Nica, A., « Complex patterns of spatially extended generators of epileptic activity: Comparison of source localization methods cMEM and 4-ExSo-MUSIC on high resolution EEG and MEG data », NeuroImage, 143 (décembre 2016), 175–195.
    • Maneshi, M., Vahdat, S., Gotman, J., Grova, C., « Validation of shared and specific independent component analysis (SSICA) for between-group comparisons in fMRI », Frontiers in Neuroscience, 10 (septembre 2016), 417, 19 p.
    • Pellegrino, G., Hedrich, T., Chowdhury, R. A., Hall, J. A., Lina, J.-M., Dubeau, F., Kobayashi, E., Grova, C., « Source localization of the seizure onset zone from ictal EEG/MEG data », Human Brain Mapping, 37:7 (juillet 2016), 2528–2546.
    • Lee, K., Lina, J.-M., Gotman, J., Grova, C., « SPARK: Sparsity-based analysis of reliable $k$-hubness and overlapping network structure in brain functional connectivity », NeuroImage, 134 (juillet 2016), 434–449.
    • Grova, C., Aiguabella, M., Zelmann, R., Lina, J.-M., Hall, J. A., Kobayashi, E., « Intracranial EEG potentials estimated from MEG sources: A new approach to correlate MEG and iEEG data in epilepsy », Human Brain Mapping, 37:5 (mai 2016), 1661–1683.
    • Pellegrino, G., Machado, A., von Ellenrieder, N., Watanabe, S., Hall, J. A., Kobayashi, E., Grova, C., « Hemodynamic response to interictal epileptiform discharges addressed by personalized EEG-fNIRS recordings », Frontiers in Neuroscience, 10 (mars 2016), 102, 20 p.
    • von Ellenrieder, N., Pellegrino, G., Hedrich, T., Gotman, J., Lina, J.-M., Grova, C., Kobayashi, E., « Detection and magnetic source imaging of fast oscillations (40–160 Hz) recorded with magnetoencephalography in focal epilepsy patients », Brain Topography, 29:2 (mars 2016), 218–231.
    • Chowdhury, R. A., Hedrich, T., Dubeau, F., Lina, J.-M., Grova, C., Kobayashi, E., Heers, M., Hall, J. A., « Localization accuracy of distributed inverse solutions for electric and magnetic source imaging of interictal epileptic discharges in patients with focal epilepsy », Brain Topography, 29:1 (janvier 2016), 162–181.
    • Tohka, J., Bellec, P., Grova, C., Reilhac, A., « Simulation and validation in brain image analysis », Computational Intelligence and Neuroscience, 2016 (2016), 1041058, 2 p.
    • Chowdhury, R. A., Zerouali, Y., Hedrich, T., Heers, M., Kobayashi, E., Lina, J.-M., Grova, C., « MEG-EEG information fusion and electromagnetic source imaging: from theory to clinical application in epilepsy », Brain Topography, 28:6 (novembre 2015), 785–812.
    • Dansereau, C., Bellec, P., Lee, K., Pittau, F., Gotman, J., Grova, C., « Detection of abnormal restong-state networks in individual patients suffering from focal epilepsy », Frontiers in Neurology, 8:419 (décembre 2014), 21 p.
    • Heers, M., Hedrich, T., An, D., Grova, C., Kobayashi, E., « Spatial correlation of hemodynamic changes related to interictal epilectic discharges with electric and magnetic source imaging », Human Brain Mapping, 35:9 (septembre 2014), 4393–4414.
    • Lina, J.-M., Chowdhury, R. A., Lemay, É., Kobayashi, E., Grova, C., « Wavelet-based localization of oscillatory sources from magnetoencephalography data », IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 61:8 (août 2014), 2350–2364.
    • Maneshi, M., Vahdat, S., Fahoum, F., Grova, C., Gotman, J., « Specific resting-state brain networks in mesial temporal lobe epilepsy », Frontiers in Neurology, 5:127 (juillet 2014), 8 p.
    • Machado, A., Marcotte, O., Lina, J.-M., Kobayashi, E., Grova, C., « Optimal optode montage on electroencephalography/ functional near-infrared spectroscopy caps dedicated to study epileptic discharges », Journal of Biomedical Optics, 19:2 (février 2014), 026010.
    • Machado, A., Marcotte, O., Lina, J.-M., Kobayashi, E., Grova, C., « Optimal optode montage on electroencephalography/functional near-infrared spectroscopy caps dedicated to study epileptic discharges », Journal of Biomedical Optics, 19:2 (février 2014), 026010.
    • Chowdhury, R. A., Lina, J.-M., Kobayashi, E., Grova, C., « MEG source localization of spatially extended generators of epileptic activity: comparing entropic and hierarchical bayesian approaches », PLoS One, 8:2 (2013), e55969.
    • Vahdat, S., Maneshi, M., Grova, C., Gotman, J., Milner, T. E., « Shared and specific independent components analysis for between-group comparison  », Neural Computation, 24:11 (novembre 2012), 3052–3090.
    • Pittau, F., Grova, C., Moeller, F., Dubeau, F., Gotman, J., « Patterns of altered functional connectivity in mesial temporal lobe epilepsy », Epilepsia, 53:6 (juin 2012), 1013–1023.
    • Maneshi, M., Moeller, F., Fahoum, F., Gotman, J., Grova, C., « Resting-state connectivity of the sustained attention network correlates with disease duration in idiopathic generalized epilepsy  », PLoS One, 7:12 (2012), e50359.



    Karim Jerbi

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Bastin, J., Deman, P., David, O., Gueguen, M., Benis, D., Minotti, L., Hoffmann, D., Combrisson, É., Kujala, J., Perrone-Bertolotti, M., Kahane, P., Lachaux, J.-P., Jerbi, K., « Direct recordings from human nterior insula reveal its leading role within the error-monitoring network », Cerebral Cortex, 27:2 (février 2017), 1545–1557.
    • Soto, J. L. P., Lachaux, J.-P., Baillet, S., Jerbi, K., « A multivariate method for estimating cross-frequency neuronal interactions and correcting linear mixing in MEG data, using canonical correlations », Journal of Neuroscience Methods, 271 (septembre 2016), 169–181.
    • Foster, B. L., He, B. J., Honey, C. J., Jerbi, K., Maier, A., Saalmann, Y. B., « Spontaneous neural dynamics and multi-scale network organization », Frontiers in Systems Neuroscience, 10 (février 2016), 7, 20 p.
    • Thiery, T., Lajnef, T., Jerbi, K., Arguin, M., Aubin, M., « Decoding the locus of covert visuospatial attention from EEG signals », PLoS One, 11:8 (2016), e0160304, 17 p.
    • Vidal, J. R., Perrone-Bertolotti, M., Levy, J., De Palma, L., Minotti, L., Kahane, P., Bertrand, O., Lutz, A., Jerbi, K., Lachaux, J.-P., « Neural repetition suppression in ventral occipito-temporal cortex occurs during conscious and unconscious processing of frequent stimuli », NeuroImage, 95 (juillet 2014), 129–135.
    • Hamamé, C. R., Vidal, J. R., Perrone-Bertolotti, M., Ossandon, T., Jerbi, K., Kahane, P., Bertrand, O., Lachaux, J.-P., « Functional selectivity in the human occipitotemporal cortex during natural vision: evidence from combined intracranial EEG and eye-tracking », NeuroImage, 95 (juillet 2014), 276–286.
    • Breton, A., Jerbi, K., Henaff, M.-A., Cheylus, A., Baudouin, J.-Y., Schmitz, C., Krolak-Salmon, P., Van der Henst, J.-B., « Face the hierarchy: ERP and oscillatory brain responses in social rank processing », PLoS One, 9:3 (mars 2014), e91451.
    • Korczyn, A. D., Schachter, S. C., Brodie, M. J., Dalal, S., Engel Jr., J., Guekht, A., Hecimovic, H., Jerbi, K., Kanner, A. M., Johannessen Landmark, C., Mares, P., Murisic, P., Meletti, S., Mula, M., Patsalos, P. N., Reuber, M., Ryvlin, P., Stillova, K., Tuchman, R., Rektor, I., « Epilepsy, cognition, and neuropsychiatry (Epilepsy, Brain, and Mind, part 2) », Epilepsy & Behavior, 28:2 (août 2013), 283–302.
    • Dalal, S., Osipova, D., Bertrand, O., Jerbi, K., « Oscillatory activity of the human cerebellum: the intracranial electrocerebellogram revisited », Neuroscience & Biobehavioral Reviews, 37:4 (mai 2013), 585–593.
    • Gross, J., Baillet, S., Barnes, G., Henson, R. N., Hillebrand, A., Jensen, O., Jerbi, K., Litvak, V., Maess, B., Oostenveld, R., Parkkonen, L., Taylor, J. R., van Wassenhove, V., Wibral, M., Schoffelen, J.-M., « Good practice for conducting and reporting MEG research  », NeuroImage, 65 (janvier 2013), 349–363.
    • Perrone-Bertolotti, M., Kujala, J., Vidal, J. R., Hamamé, C. R., Ossandon, T., Bertrand, O., Minotti, L., Kahane, P., Jerbi, K., Lachaux, J.-P., « How silent is silent reading? Intracerebral evidence for top-down activation of temporal voice areas during reading », The Journal of Neuroscience, 32:49 (décembre 2012), 17554–17562.
    • Bastin, J., Lebranchu, P., Jerbi, K., Kahane, P., Orban, G., Lachaux, J.-P., Berthoz, A., « Direct recording in human cortex reveal the dynamics of gamma-band [50-150 Hz] activity during pursuit eye movement control », NeuroImage, 63:1 (octobre 2012), 339–347.
    • Worrell, G. A., Jerbi, K., Kobayashi, K., Lina, J.-M., Zelmann, R., Le Van Quyen, M., « Recording and analysis techniques for high-frequency oscillations », Progress in Neurobiology, 98:3 (septembre 2012), 265–278.
    • Vidal, J. R., Freyermuth, S., Jerbi, K., Hamamé, C. R., Ossandon, T., Bertrand, O., Minotti, L., Kahane, P., Berthoz, A., Lachaux, J.-P., « Long-distance amplitude correlations in the high gamma band reveal segregation and integration within the reading network », The Journal of Neuroscience, 32:19 (mai 2012), 6421–6434.
    • Ossandon, T., Vidal, J. R., Ciumas, C., Jerbi, K., Hamamé, C. R., Dalal, S., Bertrand, O., Minotti, L., Kahane, P., Lachaux, J.-P., « Efficient “pop-out” visual search elicits broadband gamma activity in the dorsal attention network », The Journal of Neuroscience, 32:10 (mars 2012), 3414–3421.
    • Hamamé, C. R., Vidal, J. R., Ossandon, T., Jerbi, K., Dalal, S., Bertrand, O., Kahane, P., Lachaux, J.-P., Minotti, L., « Reading the mind’s eye: online detection of visuo-spatial working memory and visual imagery in the inferior temporal lobe », NeuroImage, 59:1 (janvier 2012), 872–879.



    Frédéric Lesage

    Chapitres de livres:

    • Castonguay, A., Thomas, S., Lesage, F., Casanova, C., « Optogenetic tools for confined stimulation in deep brain structures », in Optogenetics, A. Kianianmomeni, éd., Methods in Molecular Biology, Vol. 1408, New York, Springer, 2016.
    • Bélanger, S., Ferreira de souza, O., Pouliot, P., Casanova, C., Lesage, F., « Neurovascular coupling in the deep brain using confocal fiber-optic endomicroscopy », in Neurovascular Coupling Methods, Mingrui Zhao, Hongtao Ma, Theodoro H Schwartz, éd., Neuromethods, Vol. 88, New York, Springer, 2014.

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Zhang, C., Moeini, M., Lesage, F., « Spatial landscape of oxygen in and around microvasculature during epileptic events », Neurophotonics, 4:1 (janvier 2017).
    • Pouliot, P., Gagnon, L., Lam, T., Bowen Chris., Kakkar, A., Sakadzic, S., Lesage, F., Avti, P. K., Desjardins, M., Thorin, É., Boas, D. A., « Magnetic resonance fingerprinting based on realistic vasculature in mice », NeuroImage (décembre 2016), 436–445.
    • Tardif, P.-L., Bertrand, M.-J., Abran, M., Castonguay, A., Lefebvre, J., Stähli, B. E., Merlet, N., Mihalache-Avram, T., Geoffroy, P., Mecteau, M., Busseui, D., Ni, F., Abulrob, A., Rhéaume, É., L’Allier, P., Tardif, J.-C., Lesage, F., « Validating intravascular imaging with serial optical coherence tomography and confocal fluorescence microscopy », International Journal of Molecular Sciences, 17:12 (décembre 2016), 2110.
    • Auger, H., Bherer, L., Boucher, É., Hoge, R. D., Lesage, F., Dehaes, M., « Quantification of extra-cerebral and cerebral hemoglobin concentrations during physical exercise using time-domain near infrared spectroscopy », Biomedical Optics Express, 7:10 (octobre 2016), 3826–3842.
    • Fraser, S. A., Dupuy, O., Pouliot, P., Lesage, F., Bherer, L., « Comparable cerebral oxygenation patterns in younger and older adults during dual-task walking with increasing load », Frontiers in Aging Neuroscience, 8 (octobre 2016), 240, 9 p.
    • Pichette, J., Laurence, A., Angulo, L., Lesage, F., Bouthillier, A., Nguyen, D. K., Leblond, F., « Intraoperative video-rate hemodynamic response assessment in human cortex using snapshot hyperspectral optical imaging », Neurophotonics, 3:4 (octobre 2016), 045003.
    • Gagnon, L., Sakadzic, S., Lesage, F., Pouliot, P., Dale, A., Devor, A., Buxton, R. B., Boas, D. A., « Validation and optimization of hypercapnic-calibrated fMRI from oxygen-sensitive two-photon microscopy », Philosophical Transactions of the Royal Society B. Biological Sciences, 371:1705 (octobre 2016), 20150359.
    • Zerouali Boukhal, Y., Pouliot, P., Robert, M., Mohamed, I., Bouthillier, A., Lesage, F., Nguyen, D. K., « Magnetoencephalographic signatures of insular epileptic spikes based on functional connectivity », Human Brain Mapping, 37:9 (septembre 2016), 3250–3261.
    • Gagnon, L., Sakadzic, S., Lesage, F., Pouliot, P., Dale, A., Devor, A., Buxton, R. B., Boas, D. A., « Validation and optimization of hypercapnic-calibrated fMRI from oxygen-sensitive two-photon microscopy », Philosophical Transactions of the Royal Society A. Mathematical, Physical & Engineering Sciences, 371:1705 (août 2016).
    • Li, B., Lee, J., Boas, D. A., Lesage, F., « Contribution of low- and high-flux capillaries to slow hemodynamic fluctuations in the cerebral cortex of mice », Journal of Cerebral Blood Flow & Metabolism, 36:8 (août 2016), 1351–1356.
    • Desjardins, M., Sylvestre, J.-P., Jafari, R., Kulasekara, S., Rose, K., Trussart, R., Arbour, J. D., Hudson, C., Lesage, F., « Preliminary investigation of multispectral retinal tissue oximetry mapping using a hyperspectral retinal camera », Experimental Eye Research, 146 (mai 2016), 330–340.
    • Bélanger, S., Oliveira Ferreira de Souza, B., Casanova, C., Lesage, F., « Correlation of hemodynamic and fluorescence signals under resting state conditions in mice’s barrel field cortex », Neuroscience Letters, 616 (mars 2016), 177–181.
    • Peng, K., Nguyen, D. K., Vannasing, P., Tremblay, J., Lesage, F., Pouliot, P., « Using patient-specific hemodynamic response function in epileptic spike analysis of human epilepsy: a study based on EEG–fNIRS », NeuroImage, 126 (février 2016), 239–255.
    • Lam, T., Avti, P. K., Pouliot, P., Tardif, J.-C., Rhéaume, É., Lesage, F., Kakkar, A., « Surface engineering of SPIONs: role of phosphonate ligand multivalency in tailoring their efficacy », Nanotechnology, 27 (2016), 415602, 11 p.
    • Peng, K., Pouliot, P., Lesage, F., Nguyen, D. K., « Multichannel continuous electroencephalography-functional near-infrared spectroscopy recording of focal seizures and interictal epileptiform discharges in human epilepsy: A review », Neurophotonics, 3:3 (2016), 031402, 12 p.
    • Hatef, A., Fortin-Deschênes, S., Boulais, É., Lesage, F., Meunier, M., « Photothermal response of hollow gold nanoshell to laser irradiation: Continuous wave, short and ultrashort pulse  », International Journal of Heat and Mass Transfer, 89 (octobre 2015), 866–871.
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    • Scherer, L. C., Fonseca, R. P., Giroux, F., Senhadji, M. N., Marcotte, K., Tomitch, L. M. B., Benali, H., Lesage, F., Ska, B., Joanette, Y., « Neurofunctional (re)organization underlying narrative discourse processing in aging: Evidence from fNIRS », Brain and Language, 121:2 (mai 2012), 174–784.
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    • Bolduc, V., Baraghis, E., Duquette, N., Thorin-Trescases, N., Lambert, J., Lesage, F., Thorin, É., « Catechin prevents severe dyslipidemia-associated changes in wall biomechanics of cerebral arteries in LDLr-/-:hApoB+/+ mice and improves cerebral blood flow. », American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology, 302:6 (mars 2012), H1330–H1339.
    • Pouliot, P., Tremblay, J., Robert, M., Vannasing, P., Lepore, F., Lassonde, M., Sawan, M., Nguyen, D. K., Lesage, F., « Nonlinear hemodynamic responses in human epilepsy: A multimodal analysis with fNIRS-EEG and fMRI-EEG », Journal of Neuroscience Methods, 204:2 (mars 2012), 326–340.
    • Nguyen, D. K., Tremblay, J., Pouliot, P., Vannasing, P., Florea, O., Carmant, L., Lepore, F., Sawan, M., Lesage, F., Lassonde, M., « Non-invasive continuous EEG-fNIRS recording of temporal lobe seizures », Epilepsy Research, 99:1-2 (mars 2012), 112–126.
    • Desjardins, M., Pouliot, P., Lesage, F., « Principles and applications of diffuse optical tomography for the brain », Current Medical Imaging Reviews, 8:3 (2012), 157–173.

    Actes de colloque avec comité de lecture:

    • Lu, X., Li, B., Moeini, M., Lesage, F., « Simultaneous two-photon imaging of cerebral oxygenation and capillary blood flow in atherosclerotic mice », in Neural Imaging and Sensing, Neural Imaging and Sensing (San Francisco, CA, 2017), Q. Luo, J. Ding, éd., Proceedings of SPIE, Vol. 10051, Bellingham, WA, SPIE, 2017, 100510O.
    • Gagnon, L., Sakadzic, S., Lesage, F., Pouliot, P., Dale, A., Devor, A., Buxton, R. B., Boas, D. A., « Improving the calibrated fMRI estimation of CMRO2 with oxygen-sensitive Two-Photon Microscopy », in Cancer Imaging and Therapy 2016, Fort Lauderdale, Florida, USA, OSA Publishing, 2016.
    • Li, B., Pouliot, P., Lesage, F., « MRI-guided fiber-based fluorescence molecular tomography for preclinical atherosclerosis », Photonics North Steve MacLean, David V. Plant, éd., Proceedings of SPIE, Vol. 9288, Bellingham, WA, SPIE, 2014, 92880R, 6pp.
    • Guevara Codina, E., Berti, R., Londono, I., Xie, N., Bellec, P., Lesage, F., Lodygensky, G. A., « Photoacoustic imaging of an inflammatory lesion model inthe neonatl rat brain  », Photonics North, Steven MacLean, David V. Plant, éd., Proceedings of SPIE, Vol. 9288, Bellingham, WA, SPIE, 2014, 92880Q, 6pp.
    • Guevara Codina, E., Gutiérrez-Hernandez, J. M., Lesage, F., Gonzalez, F. J., Castonguay, A., « Ex-vivo multi-modal microscopy of healthy skin », Photonics North, Steven MacLean, David V. Plant, éd., Proceedings of SPIE, Vol. 9288, Bellingham, WA, SPIE, 2014, 92880P, 6pp.
    • Gagnon, L., Sakadzic, S., Lesage, F., Musacchia, J. J., Lefebvre, J., Fang, Q., Yucel, M. A., Evans, K., Mandeville, E. T., Cohen-Adad, J., Polimeni, J., Yaseen, M. A., Lo, E. H., Greve, D., Buxton, R. B., Dale, A., Devor, A., Boas, D. A., « Underpinning the microvascular oigin of BOLD-fMRI with two-photon microscopy », Biomedical Optics Express, 2014.
    • Kamrani, E., Lesage, F., Sawan, M., « Towards on-chip integration of brain imaging photodetecors using standard CMOS process », in Conference proceeding: Annual International Conference od the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Conference IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, IEEE, 2013, 2668–2671.
    • Sabouni, A., Venkateswaran, A., Shmuel, A., Pouliot, P., Lesage, F., « An automated technique to determine the induced current in transcranial magnetic stimulation  », in IEEE Antennas and Propagation Society International Symposium (APSURSI), Antennas and Propagation Society International Symposium, IEEE, 2013, 2050–2051.
    • Kamrani, E., Chaddad, A., Lesage, F., Sawan, M., « Integrated transimpedance amplifier dedicated to low-noise and low-power biomedical applications », in 29th Southern Biomedical Engineering Conference (SBEC), 29th Southern Biomedical Engineering conference, IEEE, 2013, 5–6.
    • Kamrani, E., Lesage, F., Sawan, M., « On-chip single photon counting electronic circuitry dedicated real-time brain imaging applications », in 29th Southern Biomedical Engineering Conference (SBEC), 29th Southern Biomedical Engineering conference, IEEE, 2013, 61–62.
    • Kamrani, E., Lesage, F., Sawan, M., Hamady, M., « Modeling and characterizing optical CMOS sensors for biomedical low-intensity light detection », in 29th Southern Biomedical Engineering Conference (SBEC), 29th Southern Biomedical Engineering conference, IEEE, 2013, 83–84.
    • Lesage, F., Bonnery, C., Pouliot, P., « Diffusion Optical Tomography and Biophysical Modeling of the Aging Brain », in 4th International Conference on Biomedical Engineering in Vietnam, IFMBE Proceedings, Vo Van Toi Nguyen Bao Toan, Truong Quang Dang Khoa, Tran Ha Lien Phuong, éd., Vol. 40, Berlin, Springer, 2013, 250–253.
    • Kamrani, E., Lesage, F., Sawan, M., « Premature edge breakdown prevention techniques in CMOS APD fabrication », in IEEE 10th International New Circuits and Systems Conference (NEWCAS), 10th International New Circuits and Systems Conference (NEWCAS), IEEE, 2012, 345–348.
    • Pouliot, P., Truong, V. T., Zhang, C., Dubeau, S., Lesage, F., « Tight neurovascular coupling in a rat model of quasi-periodic interictal spiking using multispectral optical imaging », in Proceedings of SPIE, Photonics North 2012, Vol. 8412, 2012, 841203, 6pp.
    • Sawan, M., Salam, M. T., Gélinas, J.-S., Le Lan, J., Lesage, F., Nguyen, D. K., « Combined NIRS-EEG remote recording for epilepsy and stroke real-time monitoring », in IEEE International Symposium on circuits and systems (ISCAS), International Symposium on circuits and systems (ISCAS), IEEE, 2012, 13–16.
    • Lesage, F., Dubeau, S., Zhang, C., Baraghis, E., Ferland, G., Gaudreau, P., Pouliot, P., « Intrinsic imaging and Doppler OCT assessment of vascular reactivity with aging under caloric restriction  », Biomedical Optics OSA, Imagig of vascular dynamics invited, 2012.
    • Spinelli, L., Botwicz, M., Zolek, N., Kacprzak, M., Milej, D., Liebert, A., Weigel, U., Durduran, T., Foschum, F., Kienle, A., Baribeau, F., Leclair, S., Bouchard, J.-P., Noiseux, I., Gallant, P., Mermut, O., Pifferi, A., Torricelli, A., Cubeddu, R., Ho, H.-C., Mazurenka, M., Wabnitz, H., Klauenberg, K., Bodnar, O., Elster, C., Bénazech-Lavoué, M., Bérubé-Lauzière, Y., Lesage, F., Di Ninni, P., Martelli, F., Zaccanti, G., « Inter-Laboratory Comparison of Optical Properties Performed on Intralipid and India Ink », Biomedical Optics, 2012.
    • Baraghis, E., Bolduc, V., Gillis, M.-A., Srinivasan, V. J., Thorin, É., Boudoux, C., Lesage, F., « Synthetic reconstruction of dynamic blood flow in cortical arteries using optical coherence tomography for the evalution of vessel compliance », in SPIE Proceedings , CNS Imaging and Stimulation II Vol. 7883, SPIE Digital Library, 2012, 10pp.

    Rapports de recherche:

    • Moeini, M., Tabatabaei Shafiei, M. S., Kakkar, A., Lesage, F., « Capillary substrate of brain tissue oxygenation changes with age », avril 2016.



    Jean-Marc Lina

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Chowdhury, R. A., Merlet, I., Birot, G., Kobayashi, E., Biraben, A., Wendling, F., Lina, J.-M., Albera, L., Grova, C., Nica, A., « Complex patterns of spatially extended generators of epileptic activity: Comparison of source localization methods cMEM and 4-ExSo-MUSIC on high resolution EEG and MEG data », NeuroImage, 143 (décembre 2016), 175–195.
    • Roehri, N., Lina, J.-M., Mosher, J. C., Bartolomei, F., Bénar, C.-G., « Time-frequency strategies for increasing high-frequency oscillation detectability in intracerebral EEG », IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 63:12 (décembre 2016), 2595–2606.
    • Pellegrino, G., Hedrich, T., Chowdhury, R. A., Hall, J. A., Lina, J.-M., Dubeau, F., Kobayashi, E., Grova, C., « Source localization of the seizure onset zone from ictal EEG/MEG data », Human Brain Mapping, 37:7 (juillet 2016), 2528–2546.
    • Lee, K., Lina, J.-M., Gotman, J., Grova, C., « SPARK: Sparsity-based analysis of reliable $k$-hubness and overlapping network structure in brain functional connectivity », NeuroImage, 134 (juillet 2016), 434–449.
    • Gauvin, M., Chakor, H., Koenekoop, R. K., Little, J. M., Lina, J.-M., Lachapelle, P., « Erratum to: Witnessing the first sign of retinitis pigmentosa onset in the allegedly normal eye of a case of unilateral RP: a 30-year follow-up », Documenta Ophthalmologica, 132:3 (juin 2016), 231.
    • Gauvin, M., Chakor, H., Koenekoop, R. K., Little, J. M., Lina, J.-M., Lachapelle, P., « Witnessing the first sign of retinitis pigmentosa onset in the allegedly normal eye of a case of unilateral RP: a 30-year follow-up », Documenta Ophthalmologica, 132:3 (juin 2016), 213–229.
    • Lafontaine, M.-P., Lacourse, K., Lina, J.-M., McIntosh, A. R., Gosselin, F., Théoret, H., Lippé, S., « Brain signal complexity rises with repetition suppression in visual learning », Neuroscience, 326 (juin 2016), 1–9.
    • Grova, C., Aiguabella, M., Zelmann, R., Lina, J.-M., Hall, J. A., Kobayashi, E., « Intracranial EEG potentials estimated from MEG sources: A new approach to correlate MEG and iEEG data in epilepsy », Human Brain Mapping, 37:5 (mai 2016), 1661–1683.
    • von Ellenrieder, N., Pellegrino, G., Hedrich, T., Gotman, J., Lina, J.-M., Grova, C., Kobayashi, E., « Detection and magnetic source imaging of fast oscillations (40–160 Hz) recorded with magnetoencephalography in focal epilepsy patients », Brain Topography, 29:2 (mars 2016), 218–231.
    • Gadhoumi, K., Lina, J.-M., Mormann, F., Gotman, J., « Seizure prediction for therapeutic devices: A review », Journal of Neuroscience Methods, 260 (février 2016), 270–282.
    • Chowdhury, R. A., Hedrich, T., Dubeau, F., Lina, J.-M., Grova, C., Kobayashi, E., Heers, M., Hall, J. A., « Localization accuracy of distributed inverse solutions for electric and magnetic source imaging of interictal epileptic discharges in patients with focal epilepsy », Brain Topography, 29:1 (janvier 2016), 162–181.
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    • Nadon, V., Bockstael, A., Botteldooren, D., Lina, J.-M., Voix, J., « Individual monitoring of hearing status: development and validation of advanced techiniques to measure otoacustic emissions in suboptimal test conditions », Applied Acoustics, 89 (mars 2015), 78–87.
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    • Machado, A., Marcotte, O., Lina, J.-M., Kobayashi, E., Grova, C., « Optimal optode montage on electroencephalography/functional near-infrared spectroscopy caps dedicated to study epileptic discharges », Journal of Biomedical Optics, 19:2 (février 2014), 026010.
    • Gadhoumi, K., Lina, J.-M., Gotman, J., « Seizure prediction in patients with mesial temporal lobe epilepsy using EEG measures of state similarity », Clinical Neurophysiology, 124:9 (septembre 2013), 1745–1754.
    • Zerouali, Y., Lina, J.-M., Jemel, B., « Optimal eye-gaze fixation position for face-related neural responses », PLoS One, 8:6 (juin 2013), e60128.
    • Nadon, V., Bockstael, A., Keppler, H., Botteldooren, D., Lina, J.-M., Voix, J., « Use of passive hearing protectors and adaptive noise reduction for field recording of otoacoustic emmissions in industrial noise », The Journal of the Acoustic Society of America, 133:5 (mai 2013), 3274.
    • Zerouali, Y., Herry, C. L., Jemel, B., Lina, J.-M., « Localization of synchronous cortical neural sources », IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 60:3 (mars 2013), 770–780.
    • Chowdhury, R. A., Lina, J.-M., Kobayashi, E., Grova, C., « MEG source localization of spatially extended generators of epileptic activity: comparing entropic and hierarchical bayesian approaches », PLoS One, 8:2 (2013), e55969.
    • Gadhoumi, K., Lina, J.-M., Gotman, J., « Discriminating preictal and interictal states in patients with temporal lobe epilepsy using wavelet analysis of intracerebral EEG », Clinical Neurophysiology, 123:10 (octobre 2012), 1906–1916.
    • Worrell, G. A., Jerbi, K., Kobayashi, K., Lina, J.-M., Zelmann, R., Le Van Quyen, M., « Recording and analysis techniques for high-frequency oscillations », Progress in Neurobiology, 98:3 (septembre 2012), 265–278.
    • Lopes, R., Lina, J.-M., Fahoum, F., Gotman, J., « Detection of epileptic activity in fMRI without recording the EEG », NeuroImage, 60:3 (mars 2012), 1867–1879.



    Fahima Nekka

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Wu, X., Nekka, F., Li, J., « Steady-state volume of distribution of two-compartment models with simultaneous linear and saturated elimination », Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics, 43:4 (août 2016), 447–459.
    • Craig, M., González-Sales, M., Li, J., Nekka, F., « Approaching pharmacometrics as a paleontologist would: Recovering the links between drugs and the body through reconstruction », CPT: Pharmacometrics & Systems Pharmacology, 5:3 (mai 2016), 158–160.
    • Craig, M., Humphries, A. R., Nekka, F., Bélair, J., Li, J., Mackey, M. C., « Neutrophil dynamics during concurrent chemotherapy and G-CSF administration: Mathematical modelling guides dose optimisation to minimise neutropenia », Journal of Theoretical Biology, 385 (novembre 2015), 77–89.
    • Sarem, S., Nekka, F., Ahmed, I. S., Litalien, C., Li, J., « Impact of sampling time deviations on the prediction of the area under the curve using regression limited sampling strategies », Biopharmaceutics & Drug Disposition, 36:7 (octobre 2015), 417–428.
    • Sarem, S., Nekka, F., Barrière, O., Lapeyraque, A.-L., Duval, M., Teira, P., Bittencourt, H., Haddad, E., Théorêt, Y., Litalien, C., « Limited sampling strategies for estimating intravenous and oral cyclosporine area under the curve in pediatric hematopoietic stem cell transplantation  », Therapeutic Drug Monitoring, 37:2 (avril 2015), 198–205.
    • Wu, X., Li, J., Nekka, F., « Closed form solutions and dominant elimination pathways of simultaneous first-order and Michaelis–Menten kinetics », Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics, 42:2 (avril 2015), 151–161.
    • Bonnefois, G., Barrière, O., Nekka, F., Li, J., « A computational strategy for dose adaptation at the population and group levels », IOSR Journal of Pharmacy and Biological Sciences, 10:3 (2015), 52–63.
    • Sarem, S., Li, J., Barrière, O., Litalien, C., Théorêt, Y., Lapeyraque, A.-L., Nekka, F., « Bayesian approach for the estimation of cyclosporine area under the curve using limited sampling strategies in pediatric hematopoietic stem cell transplantation », Theoretical Biology & Medical Modelling, 11 (septembre 2014), 39, 22 p.
    • Li, J., Nekka, F., « A rational quantitative approach to determine the best dosing regimen for a target therapeutic effect: a unified formalism for antibiotic evaluation  », Journal of Theoretical Biology, 319 (février 2013), 88–95.
    • Barrière, O., Li, J., Nekka, F., « Compliance spectrum as a drug fingerprint of drug intake and drug disposition », Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics, 40:1 (février 2013), 41–52.
    • Li, J., Nekka, F., « A rational quantitative approach to determine the best dosing regimen for a target therapeutic effect: a unified formalism for antibiotic evaluation », Journal of Theoretical Biology, 319 (février 2013), 88–95.

    Actes de colloque avec comité de lecture:

    • Li, J., Nekka, F., « A spatial and nondegenerative autocorrelation function to reveal the inner similarity structure of irregular sets », in Emerging Applications of Wavelet Methods, 7th International Congress on Industrial and Applied Mathematics-Thematic Minisymposia, Siddiqi, A. H., éd., AIP Conference Proceedings, Melvile, NY, Amer. Inst. Phys., 2012, 39–51.



    Maxime Abran

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Tardif, P.-L., Bertrand, M.-J., Abran, M., Castonguay, A., Lefebvre, J., Stähli, B. E., Merlet, N., Mihalache-Avram, T., Geoffroy, P., Mecteau, M., Busseui, D., Ni, F., Abulrob, A., Rhéaume, É., L’Allier, P., Tardif, J.-C., Lesage, F., « Validating intravascular imaging with serial optical coherence tomography and confocal fluorescence microscopy », International Journal of Molecular Sciences, 17:12 (décembre 2016), 2110.
    • Abran, M., Cloutier, G., Roy, M.-H., Chayer, B., Tardif, J.-C., Lesage, F., « Development of a photoacoustic, ultrasound and fluorescence imaging catheter for the study of atherosclerotic plaque », IEEE Transactions on Biomedical Circuits and Systems, 8:5 (octobre 2014), 696–703.
    • Li, B., Berti, R., Abran, M., Lesage, F., « Ultrasound guided fluorescence molecular tomography with improved quantification by an attenuaion compensated born-normalization and in vivo preclinical study of cancer », Review of Scientific Instruments, 85:5 (2014), 053703, 12 p.



    Eleftherios Garyfallidis

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Renauld, E., Descoteaux, M., Bernier, M., Garyfallidis, E., Whittingstall, K., « Semi-automatic segmentation of optic radiations and LGN, and their relationship to EEG alpha waves », PLoS One, 11:7 (2016), e0156436, 21 p.
    • Daducci, A., Canales-Rodriguez, E. J., Descoteaux, M., Garyfallidis, E., Gur, Y., Lin, Y.-C., Mani, M., Merlet, S., Paquette, M., Ramirez-Manzanares, A., Reisert, M., Reis Rodrigues, P., Sepehrband, F., Caruyer, E., Choupan, J., Deriche, R., Jacob, M., Menegaz, G., Prckovska, V., Rivera, M., Wiaux, Y., Thiran, J.-P., « Quantitative comparison of reconstruction methods for intra-voxel fiber recovery from diffusion MRI  », IEEE Transactions on Medical Imaging, 33:2 (février 2014), 384–399.
    • Garyfallidis, E., Brett, M., Amirbekian, B., Rokem, A., van der Walt, S., Descoteaux, M., Nimmo-Smith, I., et al., « Dipy, a library for the analysis of diffusion MRI data  », Frontiers in Neuroinforamtics, 8:8 (février 2014), 1–17.
    • Côté, M.-A., Girard, G., Boré, A., Garyfallidis, E., Houde, J.-C., Descoteaux, M., « Tractometer: towards validation of tractography pipelines », Medical Image Analysis, 17:7 (octobre 2013), 844–857.



    Tarek Lajnef

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Thiery, T., Lajnef, T., Jerbi, K., Arguin, M., Aubin, M., « Decoding the locus of covert visuospatial attention from EEG signals », PLoS One, 11:8 (2016), e0160304, 17 p.



    Xiaotian Wu

    Articles de revues avec comité de lecture:

    • Wu, X., Nekka, F., Li, J., « Steady-state volume of distribution of two-compartment models with simultaneous linear and saturated elimination », Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics, 43:4 (août 2016), 447–459.
    • Wu, X., Li, J., Nekka, F., « Closed form solutions and dominant elimination pathways of simultaneous first-order and Michaelis–Menten kinetics », Journal of Pharmacokinetics and Pharmacodynamics, 42:2 (avril 2015), 151–161.