Défi Inférence Causale

Survol

Le «Défi inférence causale» se tiendra conjointement avec l’atelier du CRM sur l’Inférence statistique causale et ses application à la génétique. Une grande variété d’approches ont été développées pour l’estimation et l’interprétation causales lorsque des données d’observation et d’expérimentation sont disponibles. Bien que la performance de chaque approche variera selon les paramètres, nous espérons que cette compétition assurera un cadre réaliste pour comparer une grande variété de méthodes. Nous encourageons les participants à utiliser soit des méthodes existantes ou nouvelles.

Vous pouvez participez sur le plan individuel ou par équipe, mais chaque personne peut participer à un maximum d'un défi. Par ailleurs, au moins un membre d’une équipe devra participer à l’atelier. Chaque équipe participante est invitée à présenter ses travaux lors d’une session d’affiches durant l’atelier du CRM où les soumissions seront jugées. L’équipe gagnante recevra un prix de 300$ CAN et sera invitée à donner une présentation orale pendant l’atelier.

Data

L’International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC) est une collaboration importante entre 18 instituts de recherche à travers le monde destinée à la découverte d’un aperçu fonctionnel de chaque gène par le phénotypage systématique de 20,000 souches de souris knock-out. Plus de 300 mesures sont prises sur chaque animal, au cours de procédures allant de la chimie clinique sanguine, à la calorimétrie et à la composition du corps, aux phénotypes comportementaux. Plus précisément, les données fournies pour le défi comprennent les mesures de 22 phénotypes recueillis par le IMPC.

Dans les données disponibles pour les participants, nous avons sélectionné au hasard 5 conditions knock-out et retiré les observations pour une variable sélectionnée de façon aléatoire dans chaque condition. NA est attribué aux valeurs manquantes.

Les données sont ici!


Épreuves de la compétition

Chaque soumission sera jugée sur deux aspects principaux:

• - Déterminer quelles sont les données manquantes - Pour 5 conditions aléatoires knock-out sélectionnées, les observations pour une variable sélectionnée de façon aléatoire (différente pour chaque condition) ont été retirées. Les participants devraient utiliser les données disponibles pour prédire les valeurs des données manquantes. L’exactitude des prévisions sera mesurée via l’erreur quadratique moyenne.
• - L’interprétation causale plus large: un jury évaluera le cadre général d’analyse prévu pour chaque équipe.Les équipes seront jugées selon la pertinences des méthodes appliquées, l’aperçu scientifique et la nouveauté statistique.

La soumission finale devrait inclure une affiche détaillant les méthodes et l’analyse. Les détails pour la soumission seront fournis après l’inscription.

Calendrier

15 juin: publication des données
18 juillet: fermeture des inscriptions
À déterminer: résultats publiés

Pour de plus amples informations.

Veuillez contacter Sam Wang si vous avez d’autres questions.